Marmara Üniversitesi
Marmara Üniversitesi Eğitim-Öğretim Bilgi Sistemi

Lisans - Mühendislik Fakültesi - Biyomühendislik (İngilizce)

Müfredat Adı Ders Kodu Ders Adı Ders Türü Dönem AKTS Teorik Uygulama
2023 - Biyomühendislik - Lisans BIOE3271 Bioinformatics Zorunlu 5 5,00 3 0

Dersin İçeriği

Dersin Amacı

Dersin amacı, yaşam bilimleri verilerinin yönetimi ve analizi ile ilgili biyoinformatik veri tabanlarını, algoritmaları ve web tabanlı diğer araçların bilgisini sağlamaktır.

Öğrenim Türü

-

Dersin İçeriği

Bu ders, yaşam bilimleri verilerinin yönetimi ve analizi ile ilgili biyoinformatik veri tabanlarını, algoritmaları ve web tabanlı diğer araçları içerir. Derste işlenen dört temel araştırma konusu şunlardır: i) DNA, RNA ve protein dizi analizi, ii) fonksiyonel genomik ve proteomik, iii) 3 boyutlu makromolekül yapısı tahmini, iv) sistem biyolojisi. Bu ders, yukarıda bahsedilen dört yönü kapsayan biyoinformatik alanına genel bir bakış açısı sunacak şekilde hazırlanmıştır.

Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları

-

Staj Durumu

-

Dersin Sunulduğu Dil

İngilizce

Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar

-

Dersin Web Sayfası

-

Öğrenme Çıktıları

  • Moleküler dizi verilerinin hizalanmasının gerçekleştirilmesi, organizma ve gen veya protein düzeyinde evrimsel veya fonksiyonel sınıflandırma oluşturulması
  • Mikrodizi verilerinin ön işlemesini ve istatistiksel analizinin gerçekleştirilmesi
  • Modern yüksek verimli DNA dizilimine yönelik teknolojileri, bunların uygulamalarını ve sınırlamalarının tartışılması
  • Biyolojik ağların türlerini ve topolojik özelliklerinin tanımlanması; protein-protein etkileşim ağlarının oluşturulamsı ve analiz edilmesi
  • İstatistiksel programlama dili R ve Bioconductor paketlerinin kullanılması

Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği

Hafta Teorik
1 Temel konulara giriş
2 Genom organizasyonu ve evrim
3 Arşivleme ve bilgi eldesi: online veri bankalarının kullanımı
4 İkili dizi hizalaması
5 Çoklu dizi hizalaması
6 Filogenetik analiz
7 Mikrodiziler: teknolojileri ve veri işleme
8 Ara sınav 1
9 Mikrodizi veri analizi
10 Yeni nesil sekanslama
11 Yeni nesil sekanslama veri analizi
12 Protein yapısı ve fonksiyonu
13 Protein yapısı ve fonksiyonu, Ara sınav 2
14 Sistem Biyolojisi: ağ tabanlı analizler
15 Vaka çalışması: İlaç keşfi ve geliştirme
16 Final sınavı
17